അന്നത്തെ ദേശപ്രമാണിമാരായ കൊല്ലം, നലൂർ, പൊറ്റെക്കാട് മൂത്തപണിക്കർമാരുടെ നേതൃത്വത്തിലായിരുന്നു പ്രതിഷ്ഠ നടന്നത്. ക്ഷേത്രത്തിന്റെ ഭരണച്ചുമതല അന്നു നൽകിയത് പറമ്പോട്ടിൽ നായൻമാർക്കായിരുന്നു. ഇവർക്ക് ക്ഷേത്ര ത്തിൽ “പാഠാളി' എന്ന സ്ഥാനമുണ്ട്. ബ്രാഹ്മണശ്രേഷ്ഠൻ തന്റെ അനുചരനായ അന്ന് കൂടെനിന്ന് പാറോല തറവാട്ടിലെ കാരണവർക്ക് ദേവിയുടെ പ്രതിപുരുഷനായ വെളിച്ചപ്പാടിന്റെ സ്ഥാനവും നൽകി. ഏതാണ്ട് 450 വർഷങ്ങൾക്കുമുമ്പ് ഒരു സംഘം നായർ പ്രമാണിമാർ പടവെട്ടി ക്ഷേത്രം അവരുടെ അധീനത്തിലാക്കി. ദേവീവിശ്വാസികളായിരുന്ന ഇവർക്ക് ഭഗവതി ഭദ്രകാളിയുടെ രൂപത്തിൽ ദർശനം നൽകി എന്നു പറയപ്പെടുന്നുണ്ട്. കണ്ണനൂർ പടസ്വരൂപത്തിലെ തലമൂത്ത കാരണവരായ തൃക്കിടീരി മൂപ്പിൽ നായരാണ് ക്ഷേത്രം ഊരാളൻ. ഇപ്പോൾ മലബാർ ദേവസ്വംബോർഡ് നിയമിച്ച ട്രസ്റ്റി ബോർഡും മാനേജരും ചേർന്ന് ഭരണം നടത്തുന്നു.
ക്ഷേത്രത്തിൽ ഇന്നുകാണുന്ന നേട്ടങ്ങളും സൗകര്യങ്ങളുമെല്ലാം ഭക്തജനങ്ങളുടേയും അഭ്യുദയകാംക്ഷികളുടെയും വഴിപാടുകളും അകമഴിഞ്ഞ സംഭാവനകളും മറ്റുമായി ലഭിച്ചിട്ടുളളതാണ്.